Keberadaan Program Studi Magister Teknik Industri di Fakultas Teknologi Industri Universitas Trisakti diawali dengan diperolehnya surat  ijin penyelenggaraan dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 234/U/2000 tanggal 20 Desember 2000 dan surat ijin DIKTI No. 108/DIKTI/kep/2001. Pada awalnya pendirian Program Studi Magister Teknik Industri tahun 2001 berada dibawah pengelolaan Program Pasca Sarjana Universitas Trisakti. Saat ini, Program Studi Magister Teknik Industri beroperasi dengan  surat ijin operasional  berdasarkan SK DIKTI No. 9531/D/T/K-III/2011, dan pengelolaannya mulai tahun 2005 dialihkan kepada Fakultas Teknologi Industri.

Berdasarkan Surat Keputusan Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi No. 4101/SK/BAN-PT/Akred/M/X/2017 tanggal 31 Oktober 2017Program Studi Magister Teknik Industri memperoleh  status akreditasi B. Status akreditasi tersebut berlaku sampai dengan tanggal 31 Oktober 2022.