Keberadaan Program Studi Magister Teknik Industri  di Fakultas Teknologi Industri diawali dengan diperolehnya surat  ijin penyelenggaraan dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 234/U/2000 tanggal 20 Desember 2000 dan surat ijin DIKTI  No. 108/DIKTI/kep/2001. Pada awalnya pendirian Program Studi Magister Teknik Industri tahun 2001 berada dibawah pengelolaan Program Pasca Sarjana Universitas Trisakti. Saat ini, Program Studi Magister Teknik Industri beroperasi dengan  surat ijin operasional  berdasarkan SK DIKTI No. 9531/D/T/K-III/2011, dan pengelolaannya mulai tahun 2005 dialihkan kepada Fakultas Teknologi Industri.

Program Studi Magister Teknik Industri diharapkan dapat meningkatkan pengetahuan, keterampilan, dan perubahan sikap para lulusan, sehingga mampu menunjukkan tingkat keahlian yang lebih tinggi, menguasai konsep-konsep tingkat lanjut serta mampu menerapkan dan memecahkan masalah industri di abad yang sangat sarat dengan perkembangan teknologi serta persaingan yang sangat tinggi.

Berdasarkan Surat Keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri Program Studi Keteknikan Nomor: 0091/SK/LAM Teknik/AM/VIII/2022 Program Studi Magister Teknik Industri memperoleh status akreditasi Baik Sekali. Status akreditasi tersebut berlaku mulai tanggal 21 Agustus 2022 sampai dengan tanggal 20 Agustus 2027.